荷兰瓦灵根大学和英国罗斯林研究所的科学家领衔的团队公布了一张高质量的家猪基因组草图,为家猪重要性状基因分离和功能基因组研究提供了强有力的工具,还通过比较家猪和野猪的基因组阐明了欧洲和亚洲野猪之间的进化关系,同时揭示出参与免疫反应和嗅觉感应的基因快速进化过程。

-2012年11月15日《自然》

中文翻译


【题目】对猪基因组的分析为理解猪种群统计和进化提供新的视角

【译文】猪与人类具有超过1万年的亲密而复杂的关系。从驯化到现在育种实践,人类已经完善了驯养猪的基因组。本研究提供了一个雌性驯养野猪的基因组序列组装和分析,并比较了来自欧洲和亚洲的野猪和驯养猪的基因组。野猪出现在东南亚,随后在欧亚大陆中广泛分布。我们的结果揭示了100万年前欧洲和亚洲野猪之间的深度种系发育裂缝,而且选择性扫描分析表明在RNA加工和调控过程中的基因发生了筛选作用。免疫反应相关基因和嗅觉表现出快速进化。猪具有最全的功能性嗅觉受体基因,反应了嗅觉在这种清除性动物中的重要性。猪基因组序列为这种重要家畜物种的改善提供了重要资源,而且我们对许多导致疾病突变的鉴定扩展了猪作为生物医学模式的潜能。

英文原稿


[Title]: Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution

[Authors]: Martien A. M. Groenen1, 56 Alan L. Archibald2, 56 Hirohide Uenishi3 Christopher K. Tuggle4 Yasuhiro Takeuchi5 Max F. Rothschild4 Claire Rogel-Gaillard6 Chankyu Park7 Denis Milan8 Hendrik-Jan Megens1 Shengting Li9, 10 Denis M. Larkin11 Heebal Kim12 Laurent A. F. Frantz1 Mario Caccamo13 et al.

[Abstract]For 10,000 years pigs and humans have shared a close and complex relationship. From domestication to modern breeding practices, humans have shaped the genomes of domestic pigs. Here we present the assembly and analysis of the genome sequence of a female domestic Duroc pig (Sus scrofa) and a comparison with the genomes of wild and domestic pigs from Europe andAsia. Wild pigs emerged in South East Asia and subsequently spread acrossEurasia. Our results reveal a deep phylogenetic split between European and Asian wild boars ~1 million years ago, and a selective sweep analysis indicates selection on genes involved in RNA processing and regulation. Genes associated with immune response and olfaction exhibit fast evolution. Pigs have the largest repertoire of functional olfactory receptor genes, reflecting the importance of smell in this scavenging animal. The pig genome sequence provides an important resource for further improvements of this important livestock species, and our identification of many putative disease-causing variants extends the potential of the pig as a biomedical model.

原文地址

http://www.nature.com/nature/journal/v491/n7424/full/nature11622.html

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