由美国农业部主导,德国、日本、芬兰、澳大利亚、英国、美国和中国科学家们的共同努力下,历经六年终于完成了目前为止最完善的大麦基因组测序图谱。大麦基因组图谱将成为人们提高大麦产量、增强大麦抗虫抗病能力、增加大麦营养价值的有力工具相关内容发表在《nature》杂志上。

-2012年11月29日《自然》

中文翻译


【题目】大麦基因组的自然遗传功能性序列组装

【译文】大麦是世界上最早受驯化,也是最重要的农作物。它由5.1G个碱基对的单倍体基因组形成的二倍体。本研究提供了一个完成有序的自然遗传的功能性序列资源,在结构化全基因组背景下描述了大麦的基因空间。我们绘制了4.98Gb的自然图谱,其中有超过3.90Gb的数据锚定到高分辨率的遗传图谱上。展开深度全基因组鸟枪法组装、互补DNA和深度RNA序列数据支持79379个转录簇,包括26159个高可信度的基因,这些基因具有来自其他植物基因组的同源性支持。丰富的选择性剪接、过早的终止密码子以及新的转录活化区都表明转录后加工过程组成了重要的调控层面。 不同新增序列揭示了广泛单核苷酸突变的情况。我们的数据为基因组辅助研究和现代作物改善提供了一个平台。

英文原稿


[Title]: A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome

[Authors]:The International Barley Genome Sequencing Consortium

[Abstract]Barley (Hordeum vulgare L.) is among the world’s earliest domesticated and most important crop plants. It is diploid with a large haploid genome of 5.1 gigabases (Gb). Here we present an integrated and ordered physical, genetic and functional sequence resource that describes the barley gene-space in a structured whole-genome context. We developed a physical map of 4.98 Gb, with more than 3.90 Gb anchored to a high-resolution genetic map. Projecting a deep whole-genome shotgun assembly, complementary DNA and deep RNA sequence data onto this framework supports 79,379 transcript clusters, including 26,159 ‘high-confidence’ genes with homology support from other plant genomes. Abundant alternative splicing, premature termination codons and novel transcriptionally active regions suggest that post-transcriptional processing forms an important regulatory layer. Survey sequences from diverse accessions reveal a landscape of extensive single-nucleotide variation. Our data provide a platform for both genome-assisted research and enabling contemporary crop improvement.

原文地址

http://www.nature.com/nature/journal/v491/n7426/full/nature11543.html

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