华盛顿大学圣路易斯医学院,德国欧洲分子生物学实验室的研究人员首次对肠道微生物进行了广泛的遗传多样性分析,从中发现了一些重要信息,能有助于了解这些微生物基因如何与人类基因合作,保持我们的健康的,或者在某些情况下,如何会导致疾病的。

-2013年1月3日《自然》


中文翻译


【题目】人类肠道微生物组的基因组变异图谱

【译文】尽管人们花费大量努力来快速促进人类基因组变异的理解和实际效果,但人类微生物组中变异的实际效果还未彻底研究清楚。我们因此开发了一种用于分析宏基因组变异分析的新框架,并将其应用到来自欧洲和北美的207个个体的252粪便的宏基因组分析中。利用与101个参考物种比对的74亿个阅读框,我们检测了1030万个单核苷酸多态性(SNP)、107991个短插入/缺失突变以及1051结构变异型。非同义与同义多态性率的平均比例在肠道微生物物种中比人类宿主间变异更大。不同时间间距抽样的受试者表现出SNP突变模式的独特性和时间稳定性,尽管它们的肠道微生物组具有相当的组分变化。这表明个体特异性菌株不容易被取代,而一个可能具有一种独特的宏基因组表型,这可能被利用于个体化饮食或药物摄取。

英文原稿


[Title]: Genomic variation landscape of the human gut microbiome

[Authors]:Siegfried Schloissnig,1, 5 Manimozhiyan Arumugam,1, 5 Shinichi Sunagawa,1, 5 Makedonka Mitreva,2 Julien Tap,1 Ana Zhu,1 Alison Waller,1 Daniel R. Mende,1 Jens Roat Kultima,1 John Martin,2 Karthik Kota,2 Shamil R. Sunyaev,3 George M. Weinstock2 & Peer Bork1, 4

[Abstract]Whereas large-scale efforts have rapidly advanced the understanding and practical impact of human genomic variation, the practical impact of variation is largely unexplored in the human microbiome. We therefore developed a framework for metagenomic variation analysis and applied it to 252 faecal metagenomes of 207 individuals from Europe andNorth America. Using 7.4 billion reads aligned to 101 reference species, we detected 10.3 million single nucleotide polymorphisms (SNPs), 107,991 short insertions/deletions, and 1,051 structural variants. The average ratio of non-synonymous to synonymous polymorphism rates of 0.11 was more variable between gut microbial species than across human hosts. Subjects sampled at varying time intervals exhibited individuality and temporal stability of SNP variation patterns, despite considerable composition changes of their gut microbiota. This indicates that individual-specific strains are not easily replaced and that an individual might have a unique metagenomic genotype, which may be exploitable for personalized diet or drug intake.

原文地址

http://www.nature.com/nature/journal/v493/n7430/full/nature11711.html

本站声明: 生物文库所有文章欢迎转载,所有文章未说明,均属于原创,转载均请注明出处。
本文链接: http://www.bioku.cn/201302/nature-genomic-variation-gut-microbiome/
版权所有: 生物文库 - 生物医学、生物技术核心期刊文摘

留言


一 × 5 =


沪ICP备12028140号
点击这里给我发消息   点击这里给我发消息